После Смуты русская земля лежала в развалинах. Власть была слаба. Продолжалась война с Польшей. Царское правительство было заинтересовано в поддержке казачества и поначалу шло ему на разные уступки. Царь в своей грамоте обещал им милость навеки и жалованье больше прежнего. Однако жалованье из обнищавшей страны к казакам шло мизерное.
По мере развития взаимоотношений Дона и Москвы установились устойчивые связи царского правительства и казачьей верхушки. Но значительная часть казачества дорожила независимостью Дона, понимала, что царское жалованье влечет за собой экономическую зависимость от Москвы. Выход виделся в захвате крупнейшего экономического и стратегического центра Причерноморья - города Азова. Опираясь на него, Войско Донское держало бы под контролем Азовское море и другие важные торговые пути.
Население Украины находилось под тройным гнетом: национальным, феодальным и религиозным. Обстановка была взрывоопасной. Долго тлевший конфликт прорвался в 1648 г., когда гетман Запорожского войска Зиновий Богдан Хмельницкий поднял восстание против поляков. Подавление шло вяло, так как Хмельницкий продолжал сноситься с польским королем и выдавать события за конфликт между верными королю казаками и своевольными польскими магнатами.
Богдан Хмельницкий и все восставшие понимали, что собственными силами отстоять свои права и независимость Украины они не смогут. Необходимы союзники. Кое-кто склонялся в сторону Крыма и Турции, но большинство видело самого надежного союзника и покровителя в лице России. Хмельницкий начал переговоры с Москвой о переходе всей Украины в русское подданство.
Вторую половину ХУП в. современники называли «бунтащным веком». В этот период произошло много народных восстаний. Крупнейшим из них было Разин-ское восстание (1667-1671 гг.).
После поражения Разина под Симбирском правительство начало подавлять восстание. На Дону противники Разина во главе с К. Яковлевым вступили в переговоры с Москвой. Правительство потребовало выдачи Степана Разина и его брата Фрола. Это нарушало неписаный закон казаков, запрещавший выдавать людей с Дона. Но казачья верхушка , решила выполнить московские требования. 14 апреля 1671 г. Яковлев с верными ему казаками совершил поход на Кагальницкий городок, где находился Разин, разгромил городок и пленил Степана.
С момента возникновения Войско Донское стремилось сохранить хотя бы формальную независимость от царской власти. Участвуя в войнах России, донские казаки служили за жалованье или из-за совпадения интересов России и Дона. Когда российское правительство пыталось склонить донцов к принесению присяги на верность, те отказывались, заявляя, что готовы «служить великому государю без крестного целования», т.е. без присяги
После присоединения Азова к России в 1696 г. стало наглядно проявляться стремление Петра I поставить Войско Донское под свой полный контроль. Особенно большое недовольство царя вызывал прием казаками беглых. Правительство само нуждалось в рабочей силе, в рекрутах, в плательщиках налогов. Поэтому на Дон стали слать распоряжения о выдаче людей, пришедших на Дон после 1696 г., и о запрете впредь принимать беглых.
Укрепление границ России. Создание новых казачьих войск. После смерти Петра I продолжалось укрепление границ империи, проходило упорядочение казачьей службы. На Украине, на левом берегу Днепра (эта часть, отошедшая к России, стала называться Малороссией), казачья служба тоже была упорядочена. Состав Малороссийского войска определен в 10 полков, были упорядочены штаты этих полков.
В Семилетней войне донские казаки впервые сражались под командой А.В. Суворова. Для борьбы с летучими прусскими отрядами русский главнокомандующий выделил особый легкий конный корпус, в котором служил А. В. Суворов.